细菌肥料是生物肥料的一种，其作用主要取决于大量有益微生物的代谢。这些有益的微生物只有在大量繁殖代谢过程中，才会不断地形成物质转化和有益的代谢产物。有益微生物的类型和生活活动是微生物肥料有效性的基础，与其他肥料不同，有益微生物的基础是氮、磷、钾等主要元素的形态和数量。由于微生物肥是一种活性物质，其肥效与微生物数量和强度以及温度、湿度、酸碱度、营养条件和排斥土壤中的土著微生物等环境条件密切相关。

有机肥料和生物有机肥的界限很清楚，就是因为市场上有很多销售商把普通有机肥说成是生物有机肥，所以让一般老百姓搞不清楚。堆肥或好氧或厌氧发酵分解的堆肥为有机肥，生物有机肥可接种到分解的有机肥(芽孢杆菌)中或直接与(真菌孢子)混合，分别生产芽孢杆菌或木霉生物有机肥。同时要选择适合不同功能微生物的腐熟有机肥种类，然后检测生物有机肥产品中添加的功能微生物含量是否符合行业标准

生物有机肥是指一种含有一定功能微生物菌种的专用肥。产品不仅含有分解的有机肥，还含有一定数量的功能菌。它是微生物肥料和有机肥的有机统一体，属于微生物肥料范畴，在农业部注册。生物有机肥因其具有抗土传病害、促进根系生长和提高肥料利用率三大功能而受到种植者的青睐。需要明确的是，菌种(微生物剂、生物肥、生物剂)、堆肥、有机肥(精制有机肥、商品有机肥)不是生物有机肥。

有机物发酵罐，又称智能高温好氧发酵罐，是反应器堆肥发酵系统的重要组成部分。按反射器可分为筒仓式、塔式、鼓式、搅拌箱式和圆形搅拌床。巷道式和隧道窑式共6种。该方法的原理是将畜禽粪便、厨余垃圾、生活污泥和其它垃圾按一定比例混合，待含水率达到设计要求后，送到有机肥料发酵罐中。同时，通过通风、充氧、搅拌等手段，控制高温好氧处理设备的智能化，使发酵过程的温度得以提高。

有机肥节省地面空间，减少设备安装区域要求。水压驱动，推力大，保证了发酵罐满载运行，维护费用低；聚氨酯作为罐内保温层，受外部温度影响较小，并可整年发酵。处理过程完全封闭，不会对环境造成二次污染。